Окончив Военную академию имени М. В. Фрунзе, Е. И. Смирнов успешно защитил диссертацию на степень доктора медицинских наук и был назначен в 1939 году
начальником Главного военно-санитарного управления.
На этом посту в полной мере развернулись способности Е. И. Смирнова в организации военно-медицинского дела. Он приложил много усилий к совершенствованию системы военно-санитарной службы Красной Армии.
Проводившаяся им реорганизация медицинской службы касалась всех ее звеньев с обращением особого внимания на дивизию — основную боевую единицу армии. Опыт боевых действий у озера Хасан, на реке Халхин-Гол свидетельствовал о необходимости осуществления радикальных мер по перестройке военно-медицинской службы в соответствии с изменившимися условиями ведения боя.
Именно Ефим Иванович Смирнов впервые обосновал и сформулировал основные принципы единой военно-полевой доктрины, согласно которой в армии осуществляется централизация медицинских сил и материальных средств в руках вышестоящего медицинского органа, использующего их по своему усмотрению, не связанного границами
армии и фронта, соблюдающего принцип преемственности лечения раненых и больных.
По предложению Смирнова при военно-санитарном управлении создается институт главных специалистов фронта и армии по основным видам патологии на войне: хирургии, терапии, эпидемиологии, токсикологии. Под его руководством главные специалисты разработали инструкции, которые устанавливали для всех хирургов единые принципы хирургической обработки ран и этапного лечения раненых и больных. Благодаря организации специализиро-ванной помощи в годы войны в армейских и фронтовых районах был достигнут высокий, как ни в одной армии мира, процент выздоровления и возвращения в строй раненых и больных.
